《靈城精義箋》寫於光緒辛丑年（1901），是沈氏晚年作品。《靈城精義》二卷，相傳是五代何令通撰。

沈氏認為，何令通實得玄空三昧，而後世注《靈城精義》，往往以形家及三合之說解釋，當時流傳的《靈城精義》版本，已「真偽雜出，註釋謬誤」。所以沈氏將自藏的《靈城精義》諸家版本，校其異同，並發揮其中隱義。尤其值得注意的是，沈氏當年所採用的《靈城精義》底本，在今天已是極為稀見的善本，例如相傳是清初有地仙之稱的三元（玄空）派大師蔣大鴻得到密本之處的魏相國家藏本，蔣大鴻授徒姜垚之鈔本，玄空上虞派端木國瑚傳本（徐迪惠鈔本）、玄空蘇州派朱小鶴傳本等，其中大部份在今天早已佚失了。