筆者透過古典歷史學的方法論，展現長期結構下的近代初期臺灣歷史，不論是海洋、族群、物質還是社會文化。對過去一些似是而非的論點提出檢討，也以筆者所提倡的研究方法提出新的研究觀點與視角。以「大福佬文化圈」為研究視角，討論洋商與海賊等部分的海洋史，解釋臺灣的地名與聚落，並提出海洋宗教史的新觀點。而族群的考證與文獻辯證，則提供研究者對原住民研究新的方向，免於陷入荷蘭時代與清代間的斷層，使16到19世紀間的歷史敘述出現斷層。最後，地名與物產的考證，更是筆者的工作重點，透過臺灣地名的考訂，將對近代初期臺灣史提出新解。