小魔女琪琪已滿13歲了，按照魔女家族古老的傳統，她必須離開家鄉展開魔女的修行旅行。於是她帶著好伙伴．黑貓吉吉乘著掃帚、在家人的祝福下出發。後來，她選了一個靠海的美麗城市為落腳之地，並在好心的麵包店老闆娘那住了下來。由於她只會唯一的魔法──飛行，於是她便當起了「快遞員」，幫城裡的人們運送東西。但是，快遞的工作並不輕鬆，琪琪的第一件工作就不太順利、遇到了許多麻煩……究竟琪琪能否完成她的修行之旅，並在這裡獲得人們的認同呢？